WWW.LIB.KNIGI-X.RU
БЕСПЛАТНАЯ  ИНТЕРНЕТ  БИБЛИОТЕКА - Электронные материалы
 

«РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ (19) (11) (13) RU 2 522 501 C1 (51) МПК G01N 33/574 (2006.01) ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ ...»

РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ (19) (11) (13)

RU 2 522 501 C1

(51) МПК

G01N 33/574 (2006.01)

ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА

ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ

(12) ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ К ПАТЕНТУ

2012144074/15, 17.10.2012

(21)(22) Заявка: (72) Автор(ы):

Соколенко Анна Петровна (RU), (24) Дата начала отсчета срока действия патента:

Иевлева Аглая Геннадиевна (RU), 17.10.2012 Преображенская Елена Васильевна (RU), Митюшкина Наталья Владимировна (RU),

Приоритет(ы):

Абышева Светлана Николаевна (RU), (22) Дата подачи заявки: 17.10.2012 RU Суспицын Евгений Николаевич (RU), (45) Опубликовано: 20.07.2014 Бюл. № 20 Кулигина Екатерина Шотовна (RU), Иванцов Александр Олегович (RU), (56) Список документов, цитированных в отчете о Того Александр Викторович (RU), поиске: THOMPSON E.R. et al. Exome Имянитов Евгений Наумович (RU) sequencing identifies rare deleterious mutations

in DNA repair genes FANCC and BLM as (73) Патентообладатель(и):

potential breast cancer susceptibility alleles. федеральное государственное бюджетное PLoS Genet. 2012 Sep;8(9):e1002894. Epub 2012 учреждение "Научно-исследовательский Sep 27 [Найдено 16.07.2013] [он-лайн] институт онкологии имени Н.Н. Петрова" Найдено из Интернет: URL: (см. прод.) Министерства здравоохранения Российской Федерации (RU),



Адрес для переписки:

Федеральное государственное

–  –  –

(54) СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ НАСЛЕДСТВЕННОЙ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К РАКУ

МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ (57) Реферат:

Изобретение относится к области медицины, гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и в частности, к клинической онкологии, медленное снижение температуры до 50°С;

медицинской генетике, молекулярной диагностике выбирают один фрагмент с аберрантным и может быть использовано для прогнозирования профилем плавления для секвенирования, наследственной предрасположенности к раку секвенируют выбранный фрагмент и при молочной железы. Способ характеризуется тем, выявлении мутации гена BLM прогнозируют что проводят амплификацию коротких наследственную предрасположенность к раку фрагментов гена BLM протяженностью до 200 молочной железы. Способ повышает точность п.о., с последующим высокоразрешающим детекции мутации, прост в исполнении и RU

–  –  –

SUBSTANCE: short fragments of the BLM gene if observing the BLM gene mutation, a genetic predisof the length up to 200 base pairs are amplified which position to breast cancer is predicted.

is followed by a high-resolution melting with a stage EFFECT: method provides more accurate detection of heteroduplex formation optimised for the BLM gene: of the mutation; it is simple in implementation and highflash heat up to 95°C and slow cool down to 50°C; one informative.

fragment with an aberrant melting profile is selected RU

Стр.: 2 RU 2 522 501 C1

Изобретение относится к области медицины, в частности, к клинической онкологии, медицинской генетике, молекулярной диагностике и может быть использовано для прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы (РМЖ).

Известные способы прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ основаны на использовании молекулярно-генетических методик.

Известен способ прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ путем выявления мутаций в гене BRCA1 [Miki Y, Swensen J, Shattuck-Eidens D, Futreal PA, Harshman K, Tavtigian S, Liu Q, Cochran C, Bennett LM, Ding W, et al. A strong candidate for the breast and ovarian cancer susceptibility gene BRCA1. Science. 1994 Oct 7;266(5182):66Известен способ прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ путем выявления мутаций в гене BRCA2 [Wooster R, Bignell G, Lancaster J, Swift S, Seal S, Mangion J, Collins N, Gregory S, Gumbs C, Micklem G. Identification of the breast cancer susceptibility gene BRCA2. Nature. 1995 Dec 21-28;378(6559):789-92].

Известен способ прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ путем выявления мутаций в гене СНЕК2.[Vahteristo P, Bartkova J, Eerola H, Syrjakoski К, Ojala S, Kilpivaara О, Tamminen A, Kononen J, Aittomaki K, Heikkila P, Holli K, Blomqvist C, Bartek J, Kallioniemi OP, Nevanlinna H. A CHEK2 genetic variant contributing to a substantial fraction of familial breast cancer. Am J Hum Genet. 2002 Aug; 71(2):432-8].

Известен способ прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ путем выявления мутаций в гене PALB2[Rahman N, Seal S, Thompson D, Kelly P, Renwick A, Elliott A, Reid S, Spanova K, Barfoot R, Chagtai T, Jayatilake H, McGuffog L, Hanks S, Evans DG, Eccles D; Breast Cancer Susceptibility Collaboration (UK), Easton DF, MR. PALB2, which encodes a BRCA2- Stratton interacting protein, is a breast cancer susceptibility gene. Nat Genet.

2007 Feb; 39(2): 165-7].

Перечисленные способы выявляют причины не более 20% случаев семейной агрегации РМЖ. Причины формирования риска РМЖ в оставшихся родословных остаются неизвестными. Поиск новых генов, ассоциированных с РМЖ, представляется достаточно важной задачей. Во-первых, сведения о присутствии РМЖ-предрасполагающих мутаций у той или иной женщины позволяют сформировать индивидуальный комплекс медицинских мероприятий, направленных на профилактику и своевременную диагностику этого заболевания. Во-вторых, данные последних лет свидетельствуют о том, что наследственные раки нуждаются в особых, отличных от «спорадических»

карцином, схемах лечебных воздействий.

Техническим результатом изобретения является расширение арсенала средств, направленных на прогнозирование наследственной предрасположенности к РМЖ, повышение точности и информативности в индивидуальном прогнозе, снижение материальных затрат.

Указанный технический результат достигается тем, что в способе прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы, согласно изобретению, проводят амплификацию коротких фрагментов гена BLM протяженностью до 200 п.о., с последующим высокоразрешающим плавлением, включающим оптимизированный для гена BLM этап формирования гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и медленное снижение температуры до 50°С; выбирают один фрагмент с аберрантным профилем плавления для секвенирования, секвенируют выбранный фрагмент и при выявлении мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к раку молочной железы.

Стр.: 3 RU 2 522 501 C1

В результате анализа наследственных мутаций в генах репарации ДНК у 95 пациенток, демонстрирующих характеристики наследственного рака молочной железы; в 2 случаях обнаружена мутация p.Q548X в гене BLM. Расширенное исследование позволило выявить наследуемые дефекты в гене BLM у 17/1,498 (1.1%) больных РМЖ по сравнению с 2/ 1,093 (0.2%) здоровыми женщинами (р=0.004). Встречаемость мутаций в гене BLM у больных с семейной историей РМЖ достигала 2.4% (6/251). Результаты проделанной работы позволяют заключить, что мутации гена BLM демонстрируют высокую встречаемость в популяции, а их выявление целесообразно для прогнозирования предрасположенности к раку молочной железы.

Разработанный способ прогнозирования наследственной предрасположенности к РМЖ включает два последовательных этапа: анализ всех возможных мутаций гена BLM (см. табл.) методом ПЦР с последующим высокоразрешающим плавлением, оптимизированным для гена BLM, и секвенирование только одного из аберрантных фрагментов. Подобный подход позволяет значительно удешевить и ускорить процедуру анализа.

Аберрантный характер кривой плавления устанавливается по отличию от кривых плавления контрольных образцов без мутации. Выбранный фрагмент подвергается секвенированию по стандартным протоколам. В случае если ни один из анализируемых фрагментов не отличается от контрольных образцов, дают заключение об отсутствии мутаций без дополнительного секвенирования.

Точность детекции мутаций была улучшена за счет выбора ампликонов около 200 п.о. и включения этапа формирования гетеродуплексов (быстрый нагрев амплификата до 95°С и медленное охлаждение до 50°С).

–  –  –

Сущность изобретения иллюстрируется графическими изображениями на фиг.1, 2, где:





На фиг.1 представлена схема протокола №1 для скрининга мутаций в гене BLM: Case

- исследуемый образец, hd1 и hd2 - контрольные образцы без мутации, К- контроль ПЦР без матрицы.

На фиг.2 представлена схема протокола №2 для скрининга мутаций в гене BLM: Case

- исследуемый образец, hd1 и hd2 - контрольные образцы без мутации, К- контроль ПЦР без матрицы.

Способ осуществляют следующим образом.

ДНК лейкоцитов периферической крови, полученной от тестируемых лиц, выделяют стандартным соль-хлороформным методом. Праймеры для амплификации 32 фрагментов кодирующей последовательности гена и экзон-интронных границ, представлены в табл.При использовании 96-луночного формата для скрининга всей последовательности требуется 2 раунда ПЦР по 1,5 часа. В протокол реакции включают исследуемый образец, два контрольных образца без мутаций и один контроль Стр.: 5 RU 2 522 501 C1 реакционной смеси без матрицы. Схема протоколов представлена на фиг.1,2.

Реакционная смесь состоит из 1 мкл раствора ДНК (все образцы в реакции подводят к одной концентрации - 20 нг/мкл) и 9 мкл смеси для ПЦР. Смесь для ПЦР содержит 1-кратный ПЦР-буфер, 2.5 мМ MgCl2, 200 мкМ дЦТФ, 200 мкМ дТТФ, 200 мкМ дГТФ, 5 200 мкМ дАТФ, 1 мкМ каждого праймера (конечная концентрация - 0,1 ОЕ/л) и 0,5 ед "hot-start" ДНК-полимеразы. Дополнительно в реакцию включают интеркалирующий краситель EvaGreen (Biotium, Hayward, CA) в концентрации, рекомендованной производителем. ПЦР-реакция начинается с 10-минутной активации ДНК-полимеразы при 95°С; для накопления ПЦР-продукта проводится 40 циклов амплификации 10 (денатурация: 10 сек при 95°С; отжиг: 15 сек при 58°С; синтез: 20 сек при 72°С). После завершения ПЦР следует этап высокоразрешающего плавления ампликонов. Программа плавления заключается в увеличении температуры на 0,2°С в каждом цикле продолжительностью 10 с, температурный интервал плавления составлял от 75 до 92°.

Точность детекции мутаций повышается за счет выбора ампликонов около 200 п.о. и 15 включения этапа формирования гетеродуплексов (быстрый нагрев амплификата до 95°С и медленное охлаждение до 50°С).

Анализ профилей плавления производят с использованием соответствующего программного обеспечения, прилагаемого к используемому в лаборатории оборудованию.

20 При выявлении, по меньшей мере, одной мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к РМЖ.

Предлагаемый способ является простым в исполнении и высокоинформативным:

позволяет выявлять до 100% мутаций в гене BLM. Популяционная частота носительства мутаций в данном гене составляет 0.2%. Наследственные дефекты гена BLM отвечают 25 примерно за 1.1% общей заболеваемости РМЖ, причем этот показатель достигает 2.4% у больных с семейной формой РМЖ. Способ рекомендован пациенткам с BRCAнегативным, пациенткам с клиническими признаками наследственного РМЖ и, в случае обнаружения мутации, их здоровым родственницам.

Формула изобретения Способ прогнозирования наследственной предрасположенности к раку молочной железы, характеризующийся тем, что проводят амплификацию коротких фрагментов гена BLM протяженностью до 200 п.о., с последующим высокоразрешающим плавлением, включающим оптимизированный для гена BLM этап формирования гетеродуплексов: быстрый нагрев до 95°С и медленное снижение температуры до 50°С;

выбирают один фрагмент с аберрантным профилем плавления для секвенирования, секвенируют выбранный фрагмент и при выявлении мутации гена BLM прогнозируют наследственную предрасположенность к раку молочной железы.

Похожие работы:

«Д.В. Тырсиков СУБЪЕКТНЫЙ ОПЫТ В ПСИХОЛОГИЧЕСКОМ КОНСУЛЬТИРОВАНИИ Психологическое консультирование представляет собой наиболее динамично развивающуюся отрасль психологической практики. Это опре...»

«НАУЧНЫЙ ЦЕНТР "АЭТЕРНА" ОБЩЕСТВО, НАУКА И ИННОВАЦИИ Сборник статей Международной научно-практической конференции 14 февраля 2015 г. Часть 2 Уфа АЭТЕРНА УДК 00(082) ББК 65.26 О 33 Ответственный редактор: Сукиасян А.А., к.э.н., ст. преп.; О 33 ОБЩЕСТВО, НАУКА И ИННОВАЦИ...»

«АНО ВО ГУМАНИТАРНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ФАКУЛЬТЕТ СОЦИАЛЬНОЙ ПСИХОЛОГИИ РАБОЧАЯ ПРОГРАММА ДИСЦИПЛИНЫ "ОСНОВЫ МАРКЕТИНГА" Уровень высшего образования – бакалавриат Направление подготовки 42.03.01 "Реклама и связи с общественно...»

«Научный журнал КубГАУ, №86(02), 2013 года 1 УДК 004.891: 004.032.26: 004.838.3 UDC 004.891: 004.032.26: 004.838.3 ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ EVALUATION OF EFFICIENCY OF ГИБРИДИЗАЦИИ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНЫХ HYBRIDIZATION OF THE INTELLIGENT МЕТОДОВ...»

«Российская Академия Наук Институт философии ФЕНОМЕН ЧЕЛОВЕКА В ЕГО ЭВОЛЮЦИИ И ДИНАМИКЕ Москва УДК 100.1+572 ББК 15.1+28.7 Ф 42 Ответственные редакторы доктор физ.-мат. наук С.С. Хоружий доктор искусствоведения О.И. Генисаретск...»

«РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ОБРАЗОВАНИЯ МОСКОВСКИЙ ПСИХОЛОГО СОЦИАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ МИР ПСИХОЛОГИИ Научно методический журнал № 1 (81) Январь — март Москва Главный редактор Д. И. Фельдштейн Заместители главного редактора: С. К. Бондырева, Э. В. Сайко Члены редакционной коллегии: Ш. А. Амонашвили, О. С. Анисимов, А. Г. Асмолов...»

«Язык, сознание, коммуникация: Сб. статей / Под ред. Н.В. Уфимцевой, В.В. Красных, А.И. Изотова. – М.: МАКС Пресс, 2010. – Вып. 40. – 156 с. ISBN 978-5-317-03524-2 Неизгладимый след Вашего Слова "Слушайте слова Сердцем." Светлой памяти Юрия Александровича Сорокина (1936–2009), под руководством которого более четверти века наз...»

«Шишкина Инна Александровна ПРОБЛЕМА БЕЖЕНЦЕВ ИЗ ДЖУНГАРИИ В РУССКО-КИТАЙСКИХ ОТНОШЕНИЯХ (КОНЕЦ 50-Х НАЧАЛО 60-Х ГГ. XVIII В.) В конце 50-х начале 60-х гг. XVIII в. одной из ключевых во взаимоотношениях Росси...»

«Частные методики 233 school readiness was drawn. It gives an opportunity to determine if the parent’s expectations coincide with the actual level of the child’ readiness. The key words: school readiness, pa...»

«Персональная коммуникация с каждым клиентом ПОЧЕМУ SEO УЖЕ НЕ SEO, А КОМПЛЕКСНЫЙ ИНТЕРНЕТ-МАРКЕТИНГ? Маркетинг сегодня РАНЬШЕ СЕЙЧАС Презентация компании Презентация клиента Поиск клиентов Необходимость быть найденным Массовый охв...»










 
2017 www.lib.knigi-x.ru - «Бесплатная электронная библиотека - электронные материалы»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.